Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn tỉnh Bạc Liêu được thành lập vào năm 1997, khi tỉnh Bạc Liêu tái lập; Năm 1998 chia tách ra, thành lập Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn và Sở Thủy sản.
Đến năm 2008, hợp nhất Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thônvà Sở Thủy sản thành Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn tỉnh Bạc Liêu (Thực hiện Đề án số 01/ĐA-UBND ngày 28 tháng 3 năm 2008 của Ủy ban nhân dân tỉnh Bạc Liêu về việc sắp xếp, tổ chức các cơ quan chuyên môn thuộc Ủy ban nhân dân tỉnh theo Nghị định số 13/2008/NĐ-CP của Chính phủ và Quyết định số 10/2008/QĐ-UBND ngày 28 tháng 3 năm 2008 của Ủy ban nhân dântỉnh Bạc Liêu về việc hợp nhất Sở Thủy sản và Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn thành Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn tỉnh Bạc Liêu).
Từ ngày thành lập đến nay, Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn tỉnh Bạc Liêu được Ủy ban nhân dântỉnh ban hành các Quyết định về Quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn, cơ cấu tổ chức và mối quan hệ công tác như sau: Quyết định số 14/QĐ-UBND ngày 01 tháng 10 năm 2008; Quyết định số 06/2013/QĐ-UBND ngày 07 tháng 6 năm 2013 và Quyết định số 06/2016/QĐ-UBND ngày 13 tháng 5 năm 2016 của Ủy ban nhân dântỉnh về việc Quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn, cơ cấu tổ chức và mối quan hệ công tác Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn tỉnh Bạc Liêu (theo Thông tư Liên tịch số 14/2015/TTLT-BNNPTNT-BNV ngày 25 tháng 3 năm 2015 của Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn, Bộ Nội vụ hướng dẫn chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của cơ quan chuyên môn về nông nghiệp và phát triển nông thôn thuộc Ủy ban nhân dân cấp tỉnh, cấp huyện)./.